A Putnoki-dombság és az Aggteleki-karszt a Kárpát-medence két nagy biogeográfiai egységének, a Pannonicumnak és a Carpathicumnak a határán helyezkedik el. A földrajzi elhelyezkedés, a felszín változatossága és az éghajlati viszonyok eredményeként a növény- és állatvilág legfontosabb vonása a peremhelyzet és az átmeneti jelleg. A változatos felszíni formáknak köszönhetően kialakuló mikroklimatikus különbségek lehetővé teszik, hogy egymás szomszédságában megfelelő élőhelyet találhatnak igen különböző elterjedésű flóra- és faunaelemek. Az északi oldalakon, a töbrökben gyakran kárpáti elterjedésű fajokat találunk, míg a déli oldalakon melegkedvelő fajok tenyésznek.

A délebbi területeken és a szélesebb völgyekben sajnos az eredeti növénytakaró jelentős részét leirtották, így napjainkban az erdők helyét részben mezőgazdasági területek és gyepterületek váltották fel. Szerencsére azért több helyen még kiterjedt erdőségeket találunk, a Putnoki-dombság területének például több mint felét még mindig fás vegetáció borítja. Adottságai alapján hazánknak ez a területe, nagyobb részben a gyertyános-tölgyesek, kisebb részben a cseres tölgyesek régiójába esik. A megjelenésében zárt lombkoronájú gyertyános-kocsánytalan tölgyes 400-600 méter magasan, a laposabb felszínein fordul elő. Jellegzetes, szép állományait találjuk a Putnoki-erdőben, Imola környékén, és természetesen többfelé az Aggteleki-karszt területén is.

Lombfakadás előtt gazdag hagymás-gumós növényzetet találunk ezekben az erdőkben, mely nyárra eltűnik. Óriási tömegben nő bennük a védett égszínkék tavaszi csillagvirág, a galambbegy vagy a salátaboglárka. A gyertyános-tölgyes állományai gyakran keveredhetnek bükkel (bükkelegyes típus), melyekben gyakran előfordul a védett fehér madársisak és a bíboros kosbor.

A másik legelterjedtebb erdő a cseres-kocsánytalan tölgyes, mely a 250-450 m tengerszint feletti magasságon alakul ki. Az alacsonyabban fekvő Putnoki-dombság erdővel borított területének nagy részén ennek az erdőnek találjuk leginkább állományait. Üde színfoltot jelent ezekben az erdőkben a védett tarka nőszirom és a kardos madársisak. A magasabb talajvizű foltokon, mint például a keleméri mohosoknál, megjelenhet a kocsányos tölgy is, cseres-kocsányos tölgyes állományokat alkotva.

Az északi oldalakon szubmontán bükkösökkel találkozhatunk, melyek a zárt lombkorona miatt cserjeszint nélküli, szegényes fajkészletű erdők. A magyarországi Gömörben nagyon kis kiterjedésű foltokon találjuk meg, melyek éppen ezért igen érdekesek. Feltétlenül érdemes felkeresni Putnok környékén a fehérlovas elnevezésű területen a putnoki Ősbükkös-t, mely helyi jelentőségű, védett terület. Madarak közül több védett ill. fokozottan védett faj fordul elő, melyek között különösen értékes a császármadár, mely a sűrű növésű, dús cserjeszintű fiatalos erdőkben a hűvösebb völgyek lakója. Szintén igen értékes a rejtett életet élő fekete gólya, melynek 2-3 páros stabil állománya van a környéken. Ragadozók közül a darázs- és egerészölyvet, illetve a héját és a ritkább karvalyt érdemes megemlíteni. baglyok közül a nagy számban fészkelő macskabagoly, a délies elterjedésű füleskuvik, és az egyre délebbre húzódó urali bagoly a legfontosabb, mely az Aggteleki-karszt erdein kívül, már a Putnoki-erdőben is költ.

Öreg erdőkben gyakori a fekete harkály, a zöld és a szürke küllő, de egyre gyakoribb fészkelő a koromfekete holló is. Énekesek közül a cinegefélék és a pintyfélék fajgazdagok, ritkán búbos vagy kormosfejű cinegével is találkozhatunk. Az erdős területek érdekes kisemlőse az erdei és a nagypele, valamint a gyakori mókus. Nagyvadakban is igen gazdag a terület, így a gímszarvas, az őz és a vaddisznó gyakran látható. Igen ritka viszont, a csak kóborlásai során erre tévedő hiúz vagy barna medve, mely 1986-ban Kelemér mellett is megfordult. Igen rejtett életmódot él a nyuszt, a vadmacska és a borz, így nagyon ritkán figyelhetők meg, bár nagyobb számban élnek az erdőkben.